Thomas Busse hat sich bereits in jungen Jahren als Regisseur einen Namen gemacht. Mit nur 26 Jahren gab er sein Regiedebüt (1990) beim Spielfilm „Der Wunderapostel“, der mittlerweile Kultstatus hat. Selbst Filmgröße Klaus Maria Brandauer zeigte sich nach einer Vorführung in Wien von Busses Erstlingswerk tief beeindruckt. In der Kinorubrik von „TV Movie“ bewertete man diesen Film als „absolut sehenswert“. Später lief er auch in vielen Ländern, teilweise zu den besten Sendezeiten, sehr erfolgreich im Fernsehen und fand ein Millionenpublikum. Leider wurde er in Deutschland, aufgrund seiner speziellen Thematik, bislang nicht gezeigt.

1994 begann Thomas Busse mit den Vorbereitungen zu einem neuen Filmprojekt, dass ihn insgesamt 9 Jahre beschäftigte. Der dreiteilige, sehr akribisch recherchierte und aufwendig umgesetzte Dokumentarfilm mit Spielfilmeinheiten „Das Phänomen Gröning“ spiegelt auf dramatische Weise, exemplarisch durch das Leben des „Wunderheilers“ Bruno Gröning, die Auseinandersetzung zwischen Geistheilung und Allgemeinmedizin wider. Aufwendige Szenen mit bis zu 2500 Statisten ließ Thomas Busse nachspielen, interviewte fast 100 Zeitzeugen, suchte viele Archive auf und studierte unzählige Aktenordner. Einfühlsam und überzeugend fügte er Mosaikstein um Mosaikstein ein Bild zusammen, dass die Person Grönings in ein ganz neues Licht rückt. Insgesamt wurden drei Teile je 100 Minuten produziert. Seit der Premiere 2003 läuft diese Filmreihe immer noch in vielen Kinos Deutschlands, sowie im Ausland.

2006 übernahm er die Regie von Patrick Süskinds Monodram „Der Kontrabass“ übernommen. Frank Formen, ein herausragender Schauspielschüler von Thomas Busse, überzeugte und begeisterte in diesem tragikomischen Soloklassiker das Publikum. Aufgrund seiner beachtlichen Leistung zollt ihm die Presse großen Respekt. „Nach der Vorstellung gab es minutenlang stehende Ovationen für Frank Formens beeindruckende Vorstellung.“ (Aachener Zeitung)

Im Rahmen des Schauspielunterrichts von Thomas Busse entwickelte sich die Improvisationsgruppe „Gamocks“, die mit ihrem variantenreichen Programm „Shortcuts“ seit 2007 für Furore sorgte. "Die Shortcuts waren herrliche Unterhaltung auf hohem Niveau, bei dem man sich köstlich amüsierte. (...) In all dem zeigte das Ensemble im Wechselspiel zwischen Ernst und Komödie sein ausgereiftes und vielfältiges Spiel." (Erkelenzer Volkszeitung)

2007 schrieb Thomas Busse außerdem das Drehbuch zum Stummfilm "Quelle der ewigen Jugend". Im Sommer des gleichen Jahres wurde der Film abgedreht. Er führte nicht nur Regie, sondern spielte auch die Rolle des Grafen von Willow Castle. Ein besonderer, außergewöhnlicher Film.

Ganz gleich in welcher Form Thomas Busse als Regisseur tätig wird, verfolgt er den Anspruch, abseits der normalen Unterhaltungsbranche, Filme zu drehen oder Stücke zu inszenieren, die Tiefgang haben. Er bemängelt allgemein das sinkende Niveau vieler Ausstrahlungen oder Aufführungen. Speziell zum Medium Film sagt er: „Filme, die den Zuschauer nur unterhalten wollen, gibt es nach meiner Überzeugung genügend. Was ich im Kino oder im Fernsehen vermisse, das sind tiefgründige Filme, die einem etwas zu sagen haben. Interessant finde ich auch Filme mit spirituellem Hintergrund. In diesem Bereich möchte ich vor allem tätig sein."

2011 plant er einen neuen Spielfilm mit dem Titel "Lisa und der Maler" zu drehen. Das Drehbuch hat er bereits dazu geschrieben.